Per non fare confusione sui concetti di parchi nazionali, riserve marine, aree protette è bene fare chiarezza rendendo omogenea la terminologia. Al fine di chiarire questi concetti ecco uno schema della classificazione delle diverse aree protette nel Mediterraneo.

Parco Nazionale: è usato per aree molto estese all’interno delle quali possiamo trovare due o più settori ecologicamente diversi. Possono essere parzialmente alterati dalla presenza umana ma devono costituire un gran valore naturale. Devono essere d'interesse nazionale o internazionale, ambienti tipici di una certa zona e famosi per presenze particolari. E' richiesto l’intervento dello Stato.

Parchi Naturali Regionali: aree di notevole estensione non ancora trasformate dalla civiltà industriale e metropolitana intensiva idonea ad accogliere la prioritaria esigenza della conservazione ed in cui possano trovare spazio l’educazione e la ricreazione all’aria aperta per il tempo libero.

Riserve naturali: aree d'estensione limitata possibili addirittura ad essere identificate con un singolo biotopo, che rappresentino aspetti peculiari di determinate zone, pregevoli dal punto di vista ecologico e scientifico.

Area marina protetta: la regione costiera è disciplinata da una legislazione specifica che regolamenta le attività che vi risiedono come l’edilizia, la pesca, gli scarichi a mare. Le possibili limitazioni riguardano solo il numero delle persone che possono accedere all’area e le attività ricreative legate a loro come pesca, balneazione, diporto ecc..

Nelle aree protette sono istituite tramite una suddivisione in sotto aree diverse zone, dette appunto zonizzazione, in cui sono regolate diversamente gli ingressi.

Zona A: riserva integrale - territorio integro che è considerato come meritevole di conservazione assoluta con divieto di effettuare qualsiasi alterazione dell’ambiente salvo alcuni limitati interventi. L’accesso è consentito solo a piedi e su itinerari obbligati con ausilio di guide. Solo su speciale autorizzazione è consentita l’osservazione e la ricerca scientifica. Alcune zone all’interno della riserva possono essere destinate alla protezione completa.

Zona B: riserva generale - territorio ben conservato con segni della presenza umana ma meritevole di essere mantenuto in un discreto stato. Le strutture esistenti possono essere mantenute o restaurate ma non è possibile realizzare nuove iniziative se non promosse dall’ente del parco. L’accesso è consentito a piedi o con veicoli non motorizzati, con mezzi motorizzati su percorsi terrestri o acquatici stabiliti dall’autorità preposta.

Zona C: protezione esterna - territorio antropizzato con caratteristiche semi naturali. Possono essere mantenute le attività economiche tradizionali, mentre gli unici progetti ammessi sono quelli a migliorare e ripristinare l’ambiente. L’accesso è libero.

Zona D: sviluppo - territorio largamente antropizzato è destinato alla fruizione dei visitatori del parco ed alle esigenze delle collettività locali. La zona è intesa per consentire lo sviluppo delle attività locali, creazione delle infrastrutture ricettive e complementari e servizi e attrezzature organizzative del parco.

Le isole Tremiti sono state dichiarate riserva marina con D.M. del 14 luglio 1989. Dal 1996 l’area è parte nazionale del Gargano.

Dista dalla costa garganica circa 22 Km e comprende le isole di San Domino, Caprara, San Nicola, Pianosa e alcuni scogli (di cui i maggiori sono il Cretaccio e La Vecchia). La costa alta e rocciosa, di costituzione calcarea, è movimentata dalla presenza di numerose grotte. I fondali sono rocciosi declinanti poco ripidamente fino ai limiti della piattaforma continentale.

Numerose sono le specie animali e vegetali che fanno delle isole Tremiti la meta più ambita di molti subacquei.

Fra gli invertebrati particolarmente evidenti sono i Poriferi, con le colonie rosso-arancio di Crambe crambe, la popolare Haliclona mediterranea e Axinella damicornis; tra gli Cnidari vasta presenza di Eunicella cavolinii (gorgonia gialla) e Eunicella vulgaris; il tunicato Halocintia papillosa, l'asteroideo Echinaster sepositus (stella rossa), numerose specie di attinie come Actinia equina (pomodoro di mare), Bunodactis verrucosa. Le rocce sono ricoperte da coralligeno di falesia, tra cui risaltano numerose specie: Alcyonium palmatum, Axinelle spp., Parazoanthus axinellae. Si rinvengono inoltre piccole aragoste e numerose specie ittiche.

Zona A: l’intera isola di Pianosa. Qui è vietata la balneazione e la navigazione, ma anche l’accesso e la sosta di barche non autorizzate dall’ente gestore per finalità scientifiche e per visite guidate. E’ vietata anche qualsiasi forma di pesca.

Zona B: è l’area tra il faro i Punta Provvidenza e Punta Seccafino all’isobata dei 70 metri di San Domino. A Caprara comprende, inoltre , la zona che va da Cala Sorrentino allo scoglio Caciocavallo. Qui è vietata la pesca subacquea sportiva e la navigazione, tranne quella autorizzata dall’ ente gestore. Le immersioni sono consentite previo permesso delle autorità.

Zona C: è l’area restante di San Domino, di Caprara e tutta l’isola di San Nicola, dove oltre alle immersioni è consentita la pesca sportiva.